Ο Μιχάλης Παγούνης γεννήθηκε το 1936 στο χωριό Ζέρμα της Κόνιτσας. Τα γεγονότα του εμφυλίου πολέμου 1946-49 σημάδεψαν την παιδική του ζωή. Όπως και χιλιάδες άλλα ελληνόπουλα, έτσι κι αυτός βρέθηκε στις χώρες της Ανατολικής Ευρώπης, με τα δύο μικρότερα αδέλφια του, χωρίς του γονείς του. Μεγάλωσε σε παιδικούς σταθμούς στην Αλβανία, Ρουμανία και Πολωνία. Στην Πολωνία τελείωσε το σχολείο και το Πανεπιστήμιο. Απέκτησε το πτυχίο του μάστερ Γεωλογίας και εργάστηκε σε διάφορες γεωλογικές υπηρεσίες από υπεύθυνες θέσεις. Για ένα διάστημα, μέχρι τον επαναπατρισμό του στην Ελλάδα το 1975, ήταν συνεργάτης στην έδρα Υδρογεωλογίας του Πανεπιστημίου του Βρότσλαβ. Στην Ελλάδα εργάστηκε στο ΙΓΜΕ (Ινστιτούτο Γεωλογικών και Μεταλλευτικών Ερευνών) στον τομέα Υδρολογίας και ασχολήθηκε με την υδρογεωλογική έρευνα. Η ύδρευση της Αθήνας από υπόγεια νερά ήταν το κυριότερο πρόβλημα της υπηρεσιακής ενασχόλησής του. Το μεγάλο πρόβλημα της λειψυδρίας στο λεκανοπέδιο της Αττικής την περίοδο 1988-93 αντιμετωπίστηκε με επιτυχία χάρη στις μελέτες του.