Το πολυσέλιδο "Ανθολόγιο" του Ιωάννη Στοβαίου φέρει την ονομασία "Εκλογές, Αποφθέγματα, Υποθήκες" και αποτελείται από τέσσερα βιβλία, τα οποία περιέχουν εκλεκτά αποσπάσματα από έργα ποιητών, θεολόγων, φιλοσόφων, ιστορικών και ρητόρων της αρχαιότητας και των ελληνιστικών χρόνων, καλύπτοντας μία χρονική περίοδο περίπου δώδεκα αιώνων.

Το πρώτο και το δεύτερο βιβλίο - με μεταφυσικό και με γνωσιολογικό και ηθικό περιεχόμενο αντίστοιχα - έχουν υποστεί σοβαρούς ακρωτηριασμούς, οπότε η ανάγνωσή τους καθίσταται προβληματική. Το τρίτο βιβλίο ασχολείται αποκλειστικά με θέματα ηθικής, ενώ το τέταρτο με θέματα ηθικής, παιδαγωγικής και πολιτικής.

Σύμφωνα με την μαρτυρία του πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Φωτίου Α΄("Μυριόβιβλος"), το έργο του Ιωάννη έφερε και πρόλογο, συντεταγμένο και χωρισμένο σε δύο κεφάλαια από τον ίδιο τον ακάματο ανθολόγο. Από αυτόν τον πρόλογο σώζεται μόνον ένα μικρό τμήμα.

Το "Ανθολόγιο" συντάχθηκε από τον Ιωάννη για χάρη του γιου του, με σκοπό να βοηθήσει τον νεαρό Σεπτίμιο στην ταχύτερη ανάγνωση και στην επιτυχέστερη μελέτη των καλύτερων και διδακτικότερων αποσπασμάτων της αρχαίας ελληνικής γραμματείας. Σήμερα, το ίδιο έργο αποτελεί πολύτιμή πηγή γνώσεων και πληροφοριών, αφού μέσα στις σελίδες του σώζονται χωρία από έργα διάσημων συγγραφέων, των οποίων τα βιβλία δυστυχώς δεν έφτασαν ακέραια μέχρι την εποχή μας.

Η αρετή είναι η μέγιστη ομορφιά των ανθρώπων.
Ευριπίδης

Τρεις αρετές υπάρχουν, που είσαι υποχρεωμένος ν' ασκείς, παιδί μου: να τιμάς τους Θεούς και τους γονείς που σε ανέθρεψαν και τους κοινούς νόμους της Ελλάδας. Αυτά κάνοντας, πάντοτε θα έχεις το καλύτερο στεφάνι καλής φήμης.
Ευριπίδης - Ηρακλείδες

Όλα τα μέρη του βίου, όπως και του αγάλματος, πρέπει να είναι όμορφα.
Σωκράτης