Ο Γιάννης Κοντραφούρης γεννήθηκε στον Πειραιά. Σπούδασε στη Δραματική Σχολή του Θεάτρου Τέχνης ( 1989-1991). Συμμετείχε σε εργαστήρια του Ιάπωνα σκηνοθέτη Ταντάσι Σουζούκι, το φθινόπωρο του 1999 στη Σιζουόκα τής Ιαπωνίας. Ως ηθοποιός συμμετείχε στις παραστάσεις: "Νεφέλες" του Αριστοφάνη σε σκηνοθεσία Γιώργου Λαζάνη (Θέατρο Τέχνης, 1991), "Φοιτητές" του Γρηγορίου Ξενόπουλου σε σκηνοθεσία Κώστα Τσιάνου (Θεσσαλικό Θέατρο, 1994), "West Side Story" των Sondheim-Bernstein σε σκηνοθεσία Σταμάτη Φασουλή (1995), "Βολπόνε" του Μπέν Τζόνσον σε σκηνοθεσία Μίνου Βολανάκη ('Εθνικό Θέατρο, 1996). Υπήρξε βοηθός του Μίνου Βολανάκη στο έργο "Το παιχνίδι των ρόλων" του Λουίτζι Πιραντέλλο. Επίσης έπαιξε στην ταινία "Από την άκρη της πόλης" του Κωνσταντίνου Γιάνναρη (1998). Το 1997 δημιούργησε την Ομάδα Υψηλού Κινδύνου. Έγραψε και σκηνοθέτησε το έργο "Τα παιδιά πενθούν" (Κτίριο Καλλιτεχνών, 1997). Πρωτοπαρουσίασε "Το Γεφύρι της Άρτας" του Γιώργου Θεοτοκά σε διασκευή και σκηνοθεσία δική του (Κτίριο Καλλιτεχνών, 1998). Συμμετείχε με την ίδια παράσταση στην Biennale Νέων Καλλιτεχνών (Τορίνο, 2000) και βραβεύτηκε με το Βραβείο «Μελίνα Μερκούρη» ως πρωτοεμφανιζόμενος σκηνοθέτης. Σκηνοθέτησε το έργο "Ξαφνικά το περασμένο καλοκαίρι" του Τέννεση Ουίλλιαμς (Θέατρο Θησείο, 1999). Έγραψε και σκηνοθέτησε τα έργα "Μήδεια. Η έξοδος", για τη Διεθνή Συνάντηση Αρχαίου Δράματος (Δελφοί, 2000) και "Όταν η Μαίριλυν Μονρόε μένει μόνη της", το οποίο παρουσίασε με την Ομάδα Υψηλού Κινδύνου (Θέατρο Δημήτρη Χορν, 2000). Το έργο του "Το στεφάνι", με ηρωίδα μια κωφάλαλη, παρουσιάστηκε σε σκηνοθεσία Θεόδωρου Τερζόπουλου (Θέατρο Άττις, 2000).Ο Γιάννης Κοντραφούρης σκηνοθέτησε το έργο του Ντέηβιντ Λίντσεϋ - Αμπέρ "Ο Διάολος μέσα της" ('Από Μηχανής Θέατρο, 2004) και τα "Ποιήματα" της Σύλβια Πλάθ (Altera Pars, 2007). Τα "Μισοφέγγαρα" παρουσιάστηκαν σε αναλόγιο στο θέατρο Παραμυθίας το 2002. Έγραψε τη Φαίδρα, ελεύθερη διασκευή του Ιππόλυτου του Ευριπίδη (2006). Το τελευταίο έργο του, "Ιοκάστη", παρουσιάστηκε σε σκηνοθεσία Θεόδωρου Τερζόπουλου (Θέατρο Άττις, 2009). Πέθανε το Σεπτέμβρη του 2007 σε ηλικία 39 ετών.