Ο Φιλήμων Παιονίδης γεννήθηκε το 1961 στο Λονδίνο. Σπούδασε φιλοσοφία στο Α.Π.Θ. (1979-1984) και είναι κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος κοινωνικής φιλοσοφίας (M. Sc.) από την London School of Economics (1986). Το 1993 ανακηρύχτηκε Διδάκτωρ φιλοσοφίας του Πανεπιστημίου Κρήτης. Κατά την περίοδο 1989-1997 δίδαξε φιλοσοφία σε εργαστήρια ελεύθερων σπουδών. Τον Ιούνιο του 1997 εξελέγη Λέκτορας ιστορίας της ηθικής φιλοσοφίας στο Τμήμα Φιλοσοφίας και Παιδαγωγικής του Α.Π.Θ. στο οποίο διδάσκει από το 1998. Το 1999 διετέλεσε επιστημονικός συνεργάτης του Εθνικού Συμβουλίου Ραδιοτηλεόρασης. Έχει δημοσιεύσει τη μελέτη "Ψευδολογία και ηθική" (Βάνιας, 1994), τη σχολιασμένη μετάφραση του "Ωφελιμισμού" του John Stuart Mill (Πόλις, 2002) καθώς και μεταφράσεις σύγχρονων φιλοσόφων όπως των Dworkin, Taylor και Rawls. Επίσης, άρθρα του που άπτονται ζητημάτων ηθικής και πολιτικής φιλοσοφίας έχουν δημοσιευτεί σε συλλογικούς τόμους και σε περιοδικά όπως: Ελληνική Φιλοσοφική Επιθεώρηση, The Journal of Value Inquiry, The Journal of Social Philosophy, Law and Philosophy, ARSP, History of Political Thought, Επιστήμη και Κοινωνία, Ισοπολιτεία, Ιατρική, Το Σύνταγμα κ.α. Έχει επιμεληθεί σε συνεργασία με τον Ν. Αυγελή το συλλογικό έργο "Aristotle on logic", "Language and science" (Σάκκουλας, 1998) καθώς και τον τόμο "Benjamin Constant, Περί ελευθερίας και ελευθεριών" (Ζήτρος, 2000). Είναι παντρεμένος με την Δρ. Μάρθα Κουτσούμπα.